IT導入補助金2025徹底解説｜採択傾向・戦略・申請手続きまとめ
人手不足や業務効率化に課題を感じる中小企業の皆様向けの記事です。
本記事では、行政書士が現場経験に基づいて、「IT導入補助金（2025年度）」の概要から申請時の注意点、採択されやすい計画づくりのコツまでをわかりやすく解説します。
本記事の内容
・ I. IT導入補助金とは：制度の概要と目的
・ II. IT導入補助金2025の主要申請枠
・ III. 過去5年間の採択傾向と現状分析
・ IV. 補助対象ITツールの傾向と活用事例
・ V. 採択されるための戦略と不採択理由
・ VI. 申請手続きと重要な注意点
I. IT導入補助金とは：制度の概要と目的
I. IT導入補助金とは：制度の概要と目的 「IT導入補助金」は、中小企業・小規模事業者等の生産性向上や業務効率化を目的に、適切なITツール導入費用の一部を国が支援する制度です。経済産業省管轄の施策として2017年に開始され、全国の中小企業のデジタル化・DXを推進する柱の一つとなっています。このように国が費用面を後押しすることで、中小企業のIT投資を促進し、人手不足解消や競争力強化につなげる狙いがあります
A. 制度の目的と対象
- 具体的には、会計ソフトや在庫管理システムなど自社の課題に合ったソフトウェアやクラウドサービスの購入費や利用料、導入支援サービス費用などが補助対象となります。最大2年間分のクラウド利用料や、周辺機器（PC・タブレット、POSレジ等）の購入費も一定条件で含まれる柔軟な制度設計です。ITツールは事前に事務局へ登録されたものでなければ補助対象とならず、申請の際は事務局登録を受けた「IT導入支援事業者」（ITベンダー）と連携して進める必要があります。
B. 補助対象となる経費と補助率・上限額
- ソフトウェア購入費、クラウド利用料（最大2年間）
- PC・タブレット・POSレジなどのハードウェア費用（一部枠）
- 最大補助額：450万円／補助率：1/2～4/5
C. IT導入補助金の公式サイトと情報源
- 経済産業省中小企業庁「サービス等生産性向上IT導入支援事業」
- IT導入補助金2025公式サイト
- 中小企業庁「ミラサポPlus」
II. IT導入補助金2025の主要申請枠
A. 通常枠
業務効率化・売上向上を目的とした幅広いITツールの導入を支援。 最も基本的な枠で、業種を問わず様々な業務プロセスに対応するITツールの導入を支援します。ソフトウェアやクラウド利用料、導入サポート費等が補助対象で、補助額は5万円以上～450万円以下（ITツールの機能数により上限変動）です。補助率は原則1/2ですが、最低賃金＋50円程度の従業員が3割以上いる事業者は補助率が2/3に優遇される措置があります。例えば「在庫管理システム」や「キャッシュレス決済ソフト」の導入等が該当します。
B. インボイス枠
- 2023年開始の適格請求書等保存方式（インボイス制度）への対応を支援する枠です。会計ソフト・受発注ソフト・決済ソフトといったインボイス対応ITツールの導入費用に加え、関連するハードウェア（PC、タブレット、レジ等）の購入費も補助対象となる点が特徴です。例えば会計ソフトとレジ端末をセットで導入するケースが該当します。補助額はソフトウェア費用部分が最大350万円まで（機能要件による）補助可能で、ハードウェアはPC等で10万円・レジ等で20万円を上限に補助されます。補助率は中小企業1/2（小規模事業者は2/3）ですが、賃上げ等による優遇や小規模事業者への優遇が図られています。
- インボイス枠（電子取引類型） – 発注企業が自社の取引先（受注側）に受発注システムの利用アカウントを無償提供する形でインボイス対応を促進する特殊な枠です。クラウド型の受発注システム導入費用が対象で、補助額は350万円以下、補助率は申請者が中小企業なら2/3（大企業なら1/2）となっています。この類型は大企業も申請可能ですが、2024年は年間で申請1件に留まるなど利用例は非常に少ない状況です。
C. セキュリティ対策推進枠
- サイバー攻撃や不正アクセスなど中小企業を取り巻くセキュリティリスクへの対策強化を支援する枠です。独立行政法人情報処理推進機構（IPA）が公表する「サイバーセキュリティお助け隊サービス」一覧に掲載されたサービス等、事前登録済みのセキュリティ関連ツール導入が補助対象となります。補助額は5万円～150万円以下、補助率は中小企業1/2（小規模事業者2/3）です。2025年度は補助上限が150万円に拡大され、小規模事業者の補助率優遇（2/3）もあります。具体的には、「ネットワーク監視サービス」等の導入が対象となります。
D. 複数社連携IT導入枠
- 10社以上の事業者が連携して、インボイス・キャッシュレス対応を進める共同導入型。
- 複数の中小企業等がコンソーシアム（共同事業体）を組んで一体的にIT導入する取り組みを支援する枠です。商工会や企業グループが代表申請者となり、地域全体のDX推進や生産性向上を図るプロジェクトが対象となります 。補助対象はソフトウェア・クラウド費用および導入関連費等で、補助額上限は最大3,000万円と大規模です。補助率も通常枠より高く3/4（小規模4/5）に設定され、コーディネーター費用や専門家謝金なども補助対象に含まれます。なお他の枠に比べ公募回数が限られる点に注意が必要ですが、地域ぐるみのPOSシステム導入やデータ分析基盤の共同利用など、スケールメリットあるIT活用が期待されています。
III. 過去5年間の採択傾向と現状分析
A. 採択率の推移と傾向
- 2021年以降、申請件数と交付件数が急増。
- 審査基準の細分化・競争率の上昇。
- 2024年度：通常枠25,000件申請、16,000件採択。
- ここ5年ほどでIT導入補助金は年々制度拡充と需要増加が進み、採択件数も大きく変動してきました。採択率の推移を見ると、2020年頃は全体で約42%と低めでしたが、その後毎年上昇し、2023年には約75%（採択件数7万件超）に達しています。2021～2022年は50～60%台だった採択率が、2023年にはコロナ禍でのDX需要や予算拡大も相まって大幅に改善した形です 。特に2023年度は「デジタル化基盤導入類型（会計・受発注・決済の基本ツール導入支援）」が新設され、小規模事業者を中心に申請件数68,045件・採択51,759件と大きな反響がありました。一方で通常枠の採択は18,747件（申請24,888件）に留まり、全体では建設業、卸売業、小売業など幅広い業種で活用されたものの、依然としてデジタル化の進んでいない企業が多く存在する現状がうかがえます。
B. 2024年度採択率詳細
- 通常枠：平均66%（前半75%、最終回26%）
- インボイス対応類型：平均72%、最終回10%台
- セキュリティ対策推進枠：約85%
- 電子取引類型：100%（申請1件）
- 複数社連携枠：約57%
- 2024年度はインボイス制度施行に伴い前述のデジタル化基盤枠がインボイス枠へ衣替えし、中小企業の関心がインボイス対応ツール導入に集中しました。結果、インボイス対応類型だけで申請約46,394件・採択33,438件と全体の大半を占め、通常枠の採択数16,540件を大きく上回りました。採択率は通常枠平均66%、インボイス枠平均71%程度で推移しましたが、年度最終公募回では予算枯渇により通常枠26%、インボイス枠約10%まで急落する事態となっています。2023年度採択数70,742件から2024年度50,175件へ約2万件減少したことからも、予算配分と需要のミスマッチが生じたと分析できます。業種別では引き続き建設業や小売・卸売が全体の4割弱を占めましたが、中小企業白書によれば非デジタル企業の割合は年々減少しており（段階1企業は減少傾向）、IT補助金の効果が徐々にでていると考えられます。
C. 2025年度の採択率動向
- 申請数増加に伴う競争激化。
- 審査厳格化で採択率は低下傾向。
- 通常枠3次締切では採択率30.4%に。
- 2025年度に入ると、その傾向はさらに大きく変化しています。申請件数が前年同期比で倍増し競争が激化しており、1～4次公募までの平均採択率は通常枠約39%、インボイス対応類型約47%と大幅に低下しました。具体的には通常枠の申請13,093件に対し採択5,067件（38.7%）、インボイス対応類型は申請28,909件に対し採択13,500件（46.7%）となっており、前年まで9割超の高採択率だったインボイス枠が一転して約半数しか通らない厳しい状況です。これはインボイス対応需要の急増（前年の3～5倍の申請数）や、補正予算の動向で審査が厳格化した可能性が指摘されています。セキュリティ枠も1次採択100%から徐々に低下し平均49%となるなど、全体として「早い者勝ち」傾向が強まっています。現状分析として、IT導入補助金は依然多数の中小企業に利用されつつも、申請増に予算拡大が追いつかず採択ハードルが上がっていると言えます。今後もデジタル化需要は高水準が予想されるため、申請企業側も、より戦略的に計画を練らないと採択が難しくなっている点を認識する必要があります。
IV. 補助対象ITツールの傾向と活用事例
A. 傾向
- インボイス対応類型新設により会計・受発注システム導入が活発化。
- 業務デジタル化の基盤となるツールが中心。
- セキュリティソフトの導入増加。
- 補助対象ツールの種類は多岐にわたり、業種別の傾向も見られます。例えば、小売・飲食業ではPOSレジ・顧客注文システムの導入が増えており、人手不足対策としてセルフオーダーやキャッシュレス会計の仕組みが支持されています。実際、ある焼肉店ではIT導入補助金を活用しタブレット注文システムを構築した結果、ホールスタッフを6人から5人に減らしても回せるようになり、さらに注文データ分析でメニュー改善にも役立てています。また宿泊業界では予約・顧客管理システム導入が顕著です。新潟県のある温泉旅館では補助金を活用して宿泊業務全般に対応したITツールを導入し、部屋割りの自動化や調理場との連絡効率化などを実現、人手不足による業務逼迫を大幅に緩和しました。このように業界特化型のクラウドサービス（例：飲食店向けモバイルオーダー、宿泊業向け一括管理システム等）の活用事例が各地で生まれています。
B. 活用事例
- 労務管理システム（働き方改革）
- 会計ソフト（経理効率化）
- 定期通販特化カートシステム（事業拡大）
- IT導入補助金で導入できるITツールは事前に事務局に登録されたソフトウェア・サービスに限られます。登録時に「販売管理」「在庫管理」「会計」「予約・顧客管理」「EC」「決済」等、ツールが該当する業務プロセスが分類されており、申請時には自社の課題に合ったプロセスのITツールを選択する形になります。近年の傾向として、会計・受発注・決済など基幹業務のデジタル化ニーズが非常に高く、それに対応するクラウドソフトの導入が相次いでいます。実際、2023年度には会計・受発注・決済の3機能を備えたツール導入が強く推奨され、複数機能を有するITツールなら最大350万円まで補助申請可能（1機能のみなら上限50万円）という優遇措置も設けられました。またクラウド利用料が最大2年分補助対象となっており、月額課金型のSaaS導入も支援しやすい制度になっています。2025年度はさらに制度拡充が図られ、導入後の「活用支援サービス」（従業員向けIT研修や活用コンサル等）の費用も新たに補助対象に追加されました。これは単にソフトを入れるだけでなく、社内にIT活用を定着させるところまで支援し生産性向上につなげる狙いがあります。
C. 業種別事例
V. 採択されるための戦略と不採択理由
A. 採択率向上のポイント
- 事業計画の明確化（導入効果の具体化）：事業計画書は審査員へのプレゼン資料と考え、定量データと論拠を示して説得力を持たせることが大切です。
- 経営課題とITツールの紐付け：なぜ自社にこのツールが必要なのかという理由付けをはっきりとさせておきましょう。
- 費用対効果・数値目標を具体的に提示：導入前と導入後でどのような効果が生まれるのか、導入することで改善される点などを定量的に示すことも大事です。
- 加点項目を意識した論理的な申請書作成：任意提出の書類や任意要件であっても積極的に満たして加点を狙うことが重要です。
- 実績豊富なIT導入支援事業者への相談：自社内で行うのももちろん良いですが、行政書士や中小企業診断士など補助金申請サポートに強い専門家に依頼するのも有効です。第三者の視点でブラッシュアップしてもらうことで、不備のない質の高い申請書作成につながります。
B. 不採択となる主な理由
- 近年は申請件数の増加に伴い審査も厳格化しているため、採択されるためには戦略的な申請計画が欠かせません。まず押さえておきたいのは、過去の不採択事例から学ぶことです。事務局は各申請の詳細な不採択理由を公表しませんが、経験上以下のようなケースで落選することが多いとされています。
- 対象外事業者・経費の申請：「既に購入済みのソフトの費用」「IT補助金に未登録のツール」「リース契約料」などは補助対象外経費である点に注意
- 書類不備・記載ミス：事業計画書と添付資料で整合が取れていない点なども要チェックです。
- 事業計画の具体性不足：補助金の目的である「生産性向上」に資する計画かどうかが審査の最大のポイントです。
- 減点項目該当：過去に補助金不正利用の経歴がある、労務違反で送検されたなどマイナス要素を抱える場合は審査上不利になります。
C. 過去採択企業への減点措置
過去採択企業は原則減点。ただし政策目的枠（インボイス・セキュリティ）は例外となる場合あり。
VI. 申請手続きと重要な注意点
A. 申請前の準備
- IT導入補助金の申請から交付までは、いくつかのステップを順に踏んで進めます。行政手続きに不慣れな方でも分かりやすいよう、ここでは全体の流れと留意すべきポイントを整理します。
- GビズIDプライムの取得（要2週間）
- SECURITY ACTION宣言（One Star/Two Star）
- デジタル化診断の利用
B. IT導入支援事業者との連携
- 登録事業者の選定と共同申請。
- 申請フロー・書類管理・登録ツール確認。
C. 申請フロー
- 制度理解
- GビズID取得・SECURITY ACTION宣言
- ツール・事業者選定
- 申請書作成・提出
C-2. 採択後の動き
- 採択結果（交付決定） – 提出した申請は事務局と有識者による審査を経て、後日「交付決定通知」という形で採択可否が通知されます。
- ITツールの発注・契約・支払い – 交付決定を受けたら、いよいよ選定したITツールの発注・導入作業を進めます。注意：交付決定前に製品の発注・契約・支払いを行うと補助対象になりません。
- 事業実績報告 – ITツールの納品・設定が完了し代金支払いも済んだら、速やかに実績報告を行います。
- 補助金の交付（入金） – 実績報告内容が事務局に承認されると、確定した補助金額の通知がマイページ上で確認できるようになります。
- 事業実施効果報告 – 補助金受領後も終わりではありません。導入から一定期間経過後（概ね1年以内）に、導入したITツールの効果を報告する義務があります。
- 以上が一連の手続きフローです。最後に重要な注意点をまとめます： スケジュール管理：IT導入補助金は年度内に複数回の公募スケジュールが設定されます。各回の締切日程を公式サイトの「事業スケジュール」で確認し、逆算して準備を進めましょう。締切間際の駆け込みは不備発生時のリカバリーが難しくなるため避けるべきです。特に年度後半は前述の通り採択率が下がる傾向もあります。できるだけ早い回での申請を目指すのが得策です。
- 公式情報の確認徹底：本記事執筆時点の情報に基づき解説していますが、補助金制度の内容は予算や政策方針により変更される可能性があります。実際、2024年にも最低賃金改定に伴う補正予算での条件変更が告知されています。必ず最新の公募要領や事務局発表の通知（公式サイトの新着情報）をチェックし、最新要件に沿って申請してください。 その他の留意点：補助金交付後、一定期間は取得したIT資産を処分・売却できないルールがあります（耐用年数期間等）。また同じ経費について他の国庫補助金との併用はできません。導入したITツールの稼働状況について事務局からヒアリングが来る場合もありますので協力してください。何より、導入したITツールを現場でしっかり活用し効果を上げることが、本制度を活かす最大のポイントです。補助金はその一助と位置付け、アフターサポートも含めベンダーと二人三脚でDXを推進しましょう。
D. 不正受給防止
- 「自己負担ゼロ」提案は不正受給。
- 事務局は登録取消・刑事通報など厳正対応。
E. 再申請の制限
- 過去採択企業は再申請可能だが、労働生産性目標4%以上へ引き上げ。
F. 相談窓口
- 中小企業基盤整備機構「IT経営サポートセンター」
- 東京都中小企業振興公社「デジタル技術導入促進ナビゲーター」
- 全国の商工会・よろず支援拠点
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